Rantai aplikasi adalah blockchain independen yang dibangun khusus untuk aplikasi atau fungsi tertentu. Ini memiliki mekanisme konsensus sendiri, struktur tata kelola, dan alokasi sumber daya, dan biasanya mempertahankan interoperabilitas dengan blockchain lain. Tujuan desain dari rantai aplikasi adalah untuk mengoptimalkan kebutuhan aplikasi spesifik, seperti meningkatkan kecepatan pemrosesan, mengurangi biaya transaksi, dan meningkatkan keamanan, untuk mengatasi persaingan sumber daya dan masalah kepadatan pada blockchain publik. Namun, dibandingkan dengan protokol, rantai aplikasi memiliki kekurangan persyaratan teknis yang tinggi dan komposabilitas dan interaksi yang buruk.